Το Σωματείο ΑΠΟΠ ΚΙΝΥΡΑΣ ΠΕΓΕΙΑΣ ιδρύθηκε το 2003 μετά την ενοποίηση των δύο Σωματείων ΑΠΟΠ Πέγειας και Κινύρα Έμπας.

Η ποδοσφαιρική ιστορία ξεκίνησε τη περίοδο 2003-4 όπου η ομάδα έπαιξε στη Τρίτη κατηγορία και στο πρώτο χρόνο ζωής της πήρε τη πρώτη θέση και το πρωτάθλημα και ανέβηκε στη δεύτερη κατηγορία . Στο δεύτερο χρόνο ζωής του Σωματείου τη περίοδο 2004-5 κατάφερε και πάλι να πάρει τη Πρώτη θέση στο πρωτάθλημα και να ανέβει στη Α’ Κατηγορία. Τη περίοδο 2005-6 η ομάδα έπαιξε στο πρωτάθλημα Α’ κατηγορίας έκανε ένα καλό πρωτάθλημα και αφού αποκόμισε πολλές εμπειρίες τόσο ποδοσφαιρικά όσο και διοικητικά τερμάτισε στη 12η θέση και επέστρεψε στη δεύτερη κατηγορία. Τη περίοδο 2006-7 η διοίκηση του Σωματείου πιο έμπειρη και αποφασισμένη έκτισε την ομάδα με τέτοιο τρόπο, όπου κατάφερε και πήρε το πρωτάθλημα της 2ης κατηγορίας επιστρέφοντας στα σαλόνια της Α’ Κατηγορίας και έγκαιρα έκανε σωστό προγραμματισμό για να αντεπεξέλθει όλες τις δυσκολίες του Πρωταθλήματος Α’ κατηγορίας.

Τη περίοδο 2007-8 η ομάδα και η διοίκηση έδειξαν ότι ο ΑΠΟΠ ΚΙΝΥΡΑΣ ΠΕΓΕΙΑΣ αξίζει να βρίσκεται στη πρώτη κατηγορία. Στο μεγαλύτερο μέρος του πρωταθλήματος η ομάδα βρισκόταν στις 5 πρώτες θέσεις και επίσης παρουσίαζε πολύ καλό ποδόσφαιρο. Πολλές φορές χειροκροτήθηκε απο αντίπαλους φιλάθλους και παράγοντες και κέρδισε το σεβασμό όλων. Το μήνυμα που επικρατεί παντού πλέον είναι ότι ο ΑΠΟΠ ΚΙΝΥΡΑΣ ΠΕΓΕΙΑΣ ήρθε στη Α’ Κατηγορία και θα παραμείνει. Όπως και έγινε!

Στη φετινή ποδοσφαιρική χρονιά 2008-9 η διοίκηση του Σωματείου αποφάσισε πως το Σωματείο θα πρέπει να στελεχωθεί και να λειτουργεί σε επαγγελματικά πρότυπα και για αυτό το λόγο πρόσλαβε άτομα σε θέσεις κλειδιά . Άφησε το βασικό κορμό της ομάδας και με προσθήκη  ποιοτικών μεταγραφών  ευελπιστεί ότι τη φετινή περίοδο ο ΑΠΟΠ ΚΙΝΥΡΑΣ θα είναι ακόμη καλύτερος και θα χαρίσει πολύ καλές στιγμές στους οπαδούς του και γενικότερα σε όλους τους φιλάθλους της Κύπρου.